神秘的天主教、华丽的奇迹、残酷的血腥杀人事件，由藤木禀所创作，叙述神父双人搭档一起解开神迹之谜的热销小说《梵蒂冈奇迹调查官》（バチカン奇迹调查官）在11月15日发售的《月刊COMIC GENE》上，公开决定动画化的消息。
二十世纪的最后圣诞夜
在圣玫瑰修道院，少年的身上出现不断流血的「圣痕」，成为传达神谕的使徒；警卫目击双头的恶魔；在宿舍举行的异教仪式；童女怀孕；圣母玛利亚像流出了眼泪，这些神迹接连发生，难道是……
神迹其实只是假象？
种种异像相继发生，残酷的连续杀人事件随之揭开序幕，不断有神职人员成为牺牲品，甚至死状被布置成了殉教者的模样——难道是黑魔法的祭品？面对濒临失控的奇迹，奇迹调查官一步步将骇人真相揭露于世人之前。
「奇迹调查官」是什么？
位于梵蒂冈「圣座」的秘密机构，专门调查发生于世界各地的传说奇迹，以科学的角度严谨判断事件背后的真相，这就是奇迹调查官的职责。
谁是「奇迹调查官」？
拥有如女性般纤细外表的24岁日裔美人神父兼天才科学家「平贺·约瑟夫·庚」为了罹癌弟弟筹备医药费而前往梵蒂冈，身为虔诚的天主教徒，却有超乎常人的理性，面对各种「神迹」的态度异常严谨，虽然是思考能力方面的天才，却是个生活白痴+ 天然呆（但切开来很凶狠）。
擅长解读古书与暗号的意大利裔神父「罗贝多‧尼可拉斯」，潇洒毒舌的美青年，与平贺搭档（顺便也帮他处理生活上的大小事）一同调查发生于各地的「神迹」事件。
