漫长且庞大的《新绝地组织》系列完结了，但主角们的冒险仍将继续。
紧接著将他们面对的是《黑巢三部曲》（The Dark Nest Trilogy，2005）所带来的「黑巢危机」（Dark Nest Crisis），相较于之前，这个系列将焦点再次集中在路克、莉亚、韩三人的身上。
在这个强敌已败的和平时期，银河联盟取代了昔日的新共和，引领银河迈入前所未有的统合局势，绝地武士团也在路克等人努力下重新站稳脚跟，乍看下前景似乎一片光明，但出乎意料的分裂威胁已悄然逼近。
约二十七年前，韩与莉亚完成了终身大事后，曾前往塔图因进行一项任务，过程间莉亚探询了自己生父：安纳金天行者昔日的足跡，终解开心结，与身上这条「维德的血脉」和好，怀了双胞胎。
实际上，他们本次目的是要取回一幅藏有反抗军暗码的画作
「克利克黄昏」（Killik Twilight），出自奥德朗画家之手，由该星特有种苔癣所制，上头描绘了一种昔日曾存在奥德朗，但于数千年前消失的神秘昆虫种族。
虽当时韩与莉亚未能取得这幅画，却依旧成功解除了密码危机，直至二十年后，随著遇战疯战争结束，帝国统帅斐列恩将这幅奥德朗的遗物归还给了莉亚，作为感谢彼此互助情谊的礼物。
联结之王
堪称史上最惨烈的遇战疯战争终于结束，经过了六年的重建与恢复，银河如今正朝著下一个时代迈进。
在这场死伤高达天文数字的大战中，路克的新绝地组织也受到了重大的打击，人数足足锐减了一半，亦失去雅汶 4 的绝地学院。今天，以奥瑟斯作为新的总部，绝地武士团得以渐渐走出伤痛，再次担起银河和平守护者的重责大任。在这诸多事务好不容易步上轨道的时刻，来自奇斯优势的使节造访了银河联盟，提出抗议，声称一群绝地介入了他们的边境冲突。
在国家元首奥玛斯指示下，一头雾水的天行者夫妇带著他们年幼的儿子班，和绝地大师萨巴（Saba Sebatyne）一同启程，前往未知星域调查真相。因应路克等人暂时的离席，绝地大师凯普杜伦联系韩与莉亚，欲请他们补上空缺，却适得其反，索罗夫妇也乘千年鹰寻路克脚步而去。在行星优果依（Yoggoy）上，天行者与索罗见到了被称为殖民地的蜂巢，遭遇名为克利克（Killik）的昆虫种族，并见到了出乎意料的老面孔：
在遇战疯战争中失去下落，被认为已死的绝地瑞纳图尔（Raynar Thul）。
克利克是一种知性昆虫种族，他们在遥远的过去离开了奥德朗但并未灭绝，于未知星域建立了巢穴，就这样繁衍至今。克利克族拥有所谓的「蜂巢集体意识」，可借由心电感应彼此沟通，并将一切个体都统合在集体意志底下，更特别的是，他们也能接纳外来的其他种族，将之也纳入蜂巢意识，称为联结者（Joiner）。
八年前，在玛卡任务中瑞纳遭到黑暗绝地萝米普罗（Lomi Plo）与韦尔克（Welk）绑架，三人所搭乘的船最终坠落于优果依，身受重伤的瑞纳被克利克族纳入了群体意识，然而他的个人特质影响了蜂群，反过来接管并成为蜂巢的领袖「联结之王」（Joiner King）。
如今被称为瑞纳图尔的个体已不存在，取而代之的是领导蜂群的乌努图尔（UnuThul），借由对原力的敏感性与知识，他得以改善克利克族的生活，领导殖民地展开扩张。
尽管图尔抱持和平的态度，这革新却还是带来了必然的负面影响，首当其冲就是被进犯了边境的奇斯族，冲突因而爆发。图尔以原力呼唤了昔日玛卡任务的同伴们，珍娜、塔希里、洛巴卡等人，还有刚结束探寻之旅的杰森，纷纷前来加入蜂巢成为联结者，如今这几名绝地武士正在奎力卜（Qoribu）的前线帮助克利克对抗奇斯的部队。
鉴于联结者绝地已失去了中立性，路克等人前往奎力卜，命令所有人返回奥瑟斯，过程间却遭遇蓝色克利克攻击，图尔否认指使，并表示对此一无所知。然而在萨巴大师被同一批蜂群攻击受了重伤，并在袭击者中见到黑暗绝地韦尔克的身影，一切有了巨大的改变。
绝地们回到奥瑟斯的新绝地圣殿商讨解决方案，提列克族的女性绝地阿蕾玛‧拉尔（Alema Rar）却显现出了高度的联结者特徵，并与蓝色的克利克刺客一同叛逃，自奥瑟斯脱离。阿蕾玛是昔日玛卡任务的成员，她的姐妹死于遇战疯战争，至今仍无法释怀，心中这股负面情绪如今被黑暗势力利用，将之变成了最强大的武器。
分析研究了联结者的性质后，绝地组织得出结论，虽然优果依蜂巢的图尔表面上统帅了克利克族，但实际上还有著如同群体潜意识的「黑巢」（Dark Nest）存在。这个由蓝色克利克所组成，名为哥洛戈（Gorog）的蜂巢，极有可能是由同样从坠机中生还的黑暗绝地萝米普罗与韦尔克所领导，在暗中操控著整起冲突事件。借由故意放跑阿蕾玛，绝地得以追寻她的行踪，找到这个巢穴的正确位置。
另一方面，为了解决纷争，杰森前往哈普兹财团，请求现任女王兼昔日好友谭妮儿协助克利克。对方同意出兵，代价是要杰森陪她一晚。
以奎力卜为舞台，最关键的战役爆发，贾古德费尔领军的奇斯部队如今得面对哈普兹与克利克的联合军势，莉亚与韩周旋在两方之间却徒劳无功。好在路克找到了位于奎力卜卫星上的黑巢所在，天行者夫妻携手进攻，加上莉亚带来凯普杜伦、凯尔可塔恩等四名绝地大师增援，终能杀死韦尔克并瓦解黑巢，然而他们却始终不见萝米普罗踪影，阿蕾玛也负伤逃走。
得知真相的图尔与奇斯达成停战协议，借由哈普兹财团的帮助，克利克移居至索罗夫妇发现的乌特盖图（Utegetu）星云，与奇斯优势彼此互不侵犯。
贾古德释放了被俘的洛巴卡，图尔也解除了绝地们与蜂巢的联结，但珍娜与泽克却还有强烈的联系，甚至可以读取彼此的思想，和贾古德形成了尴尬的三角关系。
虽然 R2D2 长年来守口如瓶，但路克此次终于从其记忆库中见到了自己的母亲帕米艾米达拉，开始了解父母的过去。莉亚则决定正式专注于绝地之道，开始在萨巴大师底下接受训练，一切纷纷扰扰看似告一段落。
隐身之后
一年后，珍娜与泽克依旧有著心灵上的联结，并在一次贝斯平的任务中惊讶地发现黑巢依旧存在的证据。另一方面，现今克利克所居住的星球沃特巴（Woteba）出现了一种腐蚀性的酸，很快就在克利克之间形成了流行病，令之退化甚至死亡。
这是一种古老的环境防御系统，其使用的奈米科技甚至超越了银河联盟，不仅沃特巴，乌特盖图星云的其他星球也出现了同样的情况，克利克进而怀疑银河联盟与绝地武士给他们移居此地是场阴谋。路克与韩来到沃特巴追寻黑巢的下落，阿蕾玛却出现在他们面前，提出了一份交易。
黑巢的领袖确确实实就是萝米普罗，当年坠机的当下，瑞纳不顾身上已著火受伤，奋力将她和韦尔克拖出机身，救了他们一命。然而与瑞纳不同，融入了克利克的萝米以黑暗面知识创建了哥洛戈蜂巢，将自己隐藏起来成为暗中操盘的「隐身之后」（Unseen Queen）。
她的目的是让克利克扩张至全银河，将其他物种都同化为联结者，进以成为一切的主宰。随著萝米手下第一把交椅「夜先驱」（Night Herald）韦尔克死亡，这个头衔已由阿蕾玛继承，她一方面试图混淆绝地对黑巢真相的认知，一方面也以解锁 R2D2 的路克父母资讯作为交换不干涉黑巢的条件。
路克当然没有接受这笔交易，但阿蕾玛还是解锁了安纳金向帕米承诺自己会救她的纪录情境，并拒绝返回绝地之列。杰森带著如今感情很好的表弟班到安铎露营，却收到了谭妮儿发来的消息，便动身前往哈普兹。
在对方引领下，杰森见到一个女婴，随即明白他正看著自己的亲生骨肉，谭妮儿以原力拖延了女儿的成长与出生，保守了杰森为其生父的秘密。然而为了夺回政权，谭妮儿的祖母塔雅试图暗杀婴儿，最终虽然被杰森他们阻止，但与塔雅联手的刺客正是来自黑巢，杰森同时还见到了未来的永恒战争预象。
在黑巢的煽动下，领导克利克的图尔对于现今困境相当愤怒，欲脱离乌特盖图星云，再次进犯奇斯领域。另外，与黑巢合作的海盗与走私客也引发事端，银河联盟国家元首奥玛斯认为绝地无力处理克利克，决定祭出封锁行动，派遣第五舰队阻止殖民地扩张。
由于路克的缺席，奥玛斯也指派亲政府的柯兰霍恩担任绝地武士团的临时领袖，凯普杜伦则挺身捍卫路克与莉亚，两派的对立令绝地组织产生了裂痕。此时人在沃特巴的路克与韩已被图尔拘禁，这段期间他见到了 R2 记忆库中安纳金在绝地圣殿执行密令 66的影像画面，并察觉克利克提供给银河联盟的玻璃艺术品中藏有黑巢的刺客。
他们后来成功脱困，在气态巨星突斯肯之眼（Tusken's Eye）发现黑巢与结盟的海盗正在建造十五艘大型巢船，准备提升与奇斯优势的敌对态势。冲突在银河联盟进行封锁的穆尔古闸道口（Murgo Choke）爆发，借由藏身于艺术品中，黑巢刺客得以从胜利级星际驱逐舰「亚可巴上将号」内部发动攻击，虽然莉亚与萨巴尽力阻止，莉亚也再次与阿蕾玛交手，两人爆发光剑对决，但驱逐舰最终还是落入克利克之手。
躲在巢船上，路克与韩也抵达了战场，他们与玛拉试图炸毁巢船的超空间引擎，同时对付藏身旗舰的黑巢女王萝米。
众人的行动瘫痪了十一艘巢船，路克也终于对决萝米，但隐身之后在原力的黑暗面中保持不可视的状态，利用的正是众人心中怀疑的情感。借由让路克见到过去父亲追杀绝地幼徒的情境，其心中产生的怀疑与不安如今也成了她隐身力量的来源，最终萝米得以脱逃，亚可巴上将号与剩下的巢船突破了银河联盟的封锁。
停战协议宣告破裂，加上先前杰森为阻止战事而与珍娜一同突袭了奇斯设施，令奇斯优势与银河联盟及绝地的信任关系瓦解，在这风风雨雨之中，「蜂涌之战」（Swarm War）拉开了序幕…
蜂涌之战
全面战争爆发，身为联结者的珍娜、泽克与杰森等六名绝地再次支援克利克，担任奇斯部队指挥官的贾古德又一次被迫与前女友为敌，尽管如此，杰森依旧在战场上救了贾古德的命。
因应情势的升级，银河联盟指派斐列恩元帅担任最高指挥官，路克也召唤绝地武士返回奥瑟斯，虽然杰森、塔希里、洛巴卡等人接受了召唤，但珍娜与泽克坚决留下来继续为他们同情的克利克族奋战。
在奥瑟斯的新绝地圣殿，路克天行者对绝地组织当今的分裂困境提出改革，宣布自己成为绝地宗师（Jedi Grand Master），正如当年的尤达全权执掌新绝地组织。绝地就此与银河联盟政治圈分道扬镳，退出与奥玛斯共组的高级议会，另组新的绝地议会。
路克也要求无法将绝地职责摆在首位的人退出组织，像谭妮儿等人纷纷辞退了绝地身分，虽然莉亚觉得路克这么做很粗暴，但她还是能理解兄长的理念。
经过与杰森的讨论，路克认为结束战争的最好办法，除了得杀死黑巢的领袖萝米普罗，还必须将图尔从克利克的领导位置拔除。
借由同化成联结者等手段，吉诺西斯人等昆虫种族纷纷成为克利克的盟友，而生产巴克他医疗溶液的蒂法拉（Thyferra）也爆发政变，被克利克全面接管。路克、玛拉、杰森在一次的任务中攻入哥洛戈巢船，试图杀死萝米，但最后不仅以失败告终，玛拉与杰森还受到了重伤。
由于先前见到了安纳金在穆斯塔法对帕米锁喉的影像纪录，路克也将之与现状重迭，害怕自己会失去玛拉。为了不再让萝米在下次的对决中有机可趁，他势必得彻底摆脱这份恐惧与悲痛，在杰森的建议下，路克观看了剩余的 R2 纪录，见证了安纳金与欧比王的对决，最终看著母亲在他们兄妹出生后才咽下最后一口气。
图片来源：Wookieepedia
随著奇斯军队攻入了克利克的世界特努佩（Tenupe），战事也升温至最高潮。奇斯十万大军降落至地表，克利克则在珍娜与泽克的领军下从地面与空中展开反击，于此同时莉亚发现奇斯人打算使用一种寄生虫炸弹，能彻底歼灭所有克利克族。
阿蕾玛以她的匿踪 X 战机摧毁了奇斯载具，但有两枚炸弹掉在星球表面，成了双方争夺的目标。
韩前往搜救被贾古德费尔领军击落的女儿与泽克，莉亚则击毁贾古德的爪式战机但留了他一条命，之后在丛林中碰上同样寻找著炸弹的阿蕾玛，两人展开第三次对决。
绝地终击败了堕入黑暗面的夜先驱，阿蕾玛落入一头大蜘蛛的嘴里，莉亚和萨巴也找到并在一条河底下引爆了寄生虫炸弹，解除了危机。
轨道上的舰队战，斐列恩率领银河联盟部队增援奇斯，投入了一艘执行者级星际驱逐舰，以及包含「蒙莫斯玛号」在内的两艘帝国级驱逐舰。路克天行者渗透了被克利克夺走的「亚可巴上将号」，与图尔展开光剑对决，砍断对方手臂后成功制服了这个联结之王。
明白母亲并非死于父亲之手，如今心中不再迷惘的路克又一次对上萝米，终于取得久违的胜利，随著隐身之后的死亡，黑巢的影响也就此告终。珍娜与泽克被千年鹰号救出战场并断了与蜂巢的联结，路克带著昏迷的图尔返回绝地组织，蜂涌之战划下句点。
失去了领袖，克利克族再次回到原本盲目混乱的状态，停止了扩张行径，随著该昆虫种族的发展受到抑制，奇斯族也结束了敌对行动。瑞纳图尔被武士团羁押接受长期治疗，莉亚正式成为成熟的绝地武士，洛巴卡与塔希里等三人则因战时对瑞纳的母亲有所泄漏，被路克视为对组织的背叛，如今被流放达可巴。
诸事尘埃落定，然而由路克天行者全权掌控的绝地武士团，这个新体制所造成的隐忧，日后将会面临怎么样的考验，就连路克本人都说不准。